SQLite管理ツール「SQLite Expert Personal」

「SQLite Expert Personal」は、*.sqlite形式のファイルを開き、新規追加や変更、削除を行うことができるフリーウェアです。
ダウンロードはこちらからできます。

インストール後、「File」→「Open Database」でファイルを開きます。
(インストール手順は特殊なところはないので割愛します。)
あとは、右クリックメニューから「Record Editor」で編集、「Delete selected record」で削除などが行えます。

その他試してみたい
PupSQLite
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